De Ruiter Boringen en Bemalingen is op het gebied van de waterbodemonderzoek een klasse apart. De Ruiter beschikt over uiterst moderne onderzoeksschepen die zowel op binnenwateren als near- en offshore kunnen worden ingezet. Er worden zelfstandig waterbodemonderzoek uitgevoerd volgens de geldende normen en protocollen (BRL SIKB 2000 VKB-protocol 2003 en NTA 5727).
Grootschalige waterbodemonderzoeken (Noordzeekanaal, IJsselmeer, etc.) zijn de specialiteit van De Ruiter. Kleinschalig waterbodem onderzoek wordt met klein varend materieel uitgevoerd en eveneens met zorg behandeld.